《最后的99天》取材于真实的历史事件，讲述了解放前夕，在距新政协预定的会期还有99天之际，上海地下党为了争取并掩护民主人士北上参加第一届新政协会议，一对同父异母的兄弟即共产党人肖昆和国民党军官肖鹏之间，展开殊死搏斗的故事。 解放战争进入最后阶段，距新政协预定的会期还有99天……　　武汉开往上海的火车在即将到达上海的时候突然临时停车，廖云山和肖鹏等人秘密上了车。火车再次启动时，陈安被肖鹏的枪口顶住，陈安叛变了！　　陈安说出了与储汉君的特殊关系：原来陈家与储家是世交，陈父与储汉君在他出生前指腹定婚，此次他要与储汉君的独生女完婚。陈安的这一身份引起了特派员廖云山的兴趣。　　火车晚点半小时进站了。陈安拎着箱子下车，他的穿着打扮跟接头密电里交待的一模一样。贾程程欲要上前接头，肖昆一眼瞥见他的同父异母兄弟肖鹏，他预感不好决定放弃接头，于是冲肖鹏大喊，差点就跟陈安接头的贾程程惊出一身的冷汗。看着贾程程，肖鹏心里总有一种说不出的不对劲。他轻声告诉哥哥，自己正在执行任务让他先离开此地。　　这一天，陆军高等指挥学校校长徐杰生正在举行毕业典礼。特派员廖云山突然出现，章默美接受了新任务：回到储汉君家去监视和保护储汉君，因为章默美是储家保姆的女儿。　　陈安遵廖云山命独自来到储家，储兰云对这位从未谋面的夫君很是恼火，更何况有母亲刚死，便出言不逊。　　肖昆是储汉君的得意门生，二人情同父子。肖昆改行经商，储汉君惋惜不已。储汉君提出要找个资料助理员时，肖昆便一口答应。　　贾程程作为资料员来到储府，陈安很是激动，因为从火车站的那一刻起，他就认定贾程程是来接自己的；储兰云则对贾程程很是反感，讥讽贾程程是来做填房的。贾程程被激怒了，她把贾程程反锁在书房，愤然离去。　　恰好廖云山和肖鹏来储府拜访，贾程程的举动映入肖鹏的眼帘，好感之余也生出几分怀疑，贾程程会不会是来与陈安接头的呢？　　廖云山警告陈安，如果三天内303仍不跟他接头，就不再留着他。　　陈安吓坏了，忙趁陪储兰云购物之机，到报社与记者小王接头，被肖鹏发现，小王被杀。　　肖昆和贾程程也在研究除掉陈安的办法，因为一旦陈安与储兰云结婚，陈安便有了保护伞。没想到储汉君向肖昆道出了一段实情：储兰云不是他的女儿，陈安却是他的亲生儿子……储汉君恳求肖昆把这个秘密烂在心里，不能告诉任何人。肖昆不得不让贾程程取消除掉陈安的计划，贾程程甚是不解。　　储家在准备储兰云和陈安的订婚礼，储兰云则绝食抗争。章默美告诉贾程程，储兰云如此反抗不仅因为她不喜欢陈安，还因为她心里爱上了肖鹏。　　储汉君经过激烈的思想斗争，终于战胜了个人感情，他决定放弃婚礼，放弃陈安。　　陈安再次感到自身的危机，他认定了303就是肖昆。于是，他决定杀死肖鹏母亲来嫁祸于肖昆……肖鹏母亲死亡，肖鹏发誓与肖昆决裂！　　这天，肖昆正在召集上海地下党就护送民主人士南下香港一事召开紧急会议，结果被堵。前来围堵的肖鹏冲肖昆大喊：如果你有种，你现在就承认你是303……　　陈安拿出家信告诉储兰云，他才是储汉君的亲生儿子。在她与自己之间，储汉君决不会选择与自己没有一点血缘关系的储兰云！储兰云的人生信念彻底崩溃了，她冲上楼顶……贾程程恳求肖鹏用爱救下储兰云，肖鹏艰难地说出：我爱你……　 　肖鹏向廖云山提出要与储兰云结婚。廖云山将计就计，把储兰云从上海接到香港。香港报纸大肆报道，储汉君与国民党联姻。新婚之夜，肖鹏向储兰云说明跟她结婚是为了救她而不是爱她。因为他的心里已经有贾程程了……廖云山带数名警卫持枪冲了进来，陈安向肖鹏开枪，储兰云扑入肖鹏的面前，中弹倒入肖鹏的怀里……　　廖云山得知储汉君已离开香港奔向解放区，他让人带话，可以用肖昆和章默美一换一。　　肖昆和章默美在与艰难时局的奋战中相爱了，他们返回香港，见到前来顶换自己的哥哥肖昆时，肖鹏震撼了！他毫不迟疑地行动了，这行动长久以来盘桓在他的内心深处……看着陈安倒下，看着四下特务的倒下，肖鹏笑着倒在自己的血泊里……　 　新中国成立的礼炮响过了，肖昆和章默美离开了肖鹏的墓碑，只有贾程程长久地伫立在墓碑前……。